A história de Quellón e da Ilha de Chiloé remonta aos tempos pré-hispânicos, quando os povos indígenas habitavam a região.
Durante a época colonial, a cidade de Quellón foi fundada como uma missão jesuíta e depois se tornou um importante porto de pesca.
Durante o século 20, Quellón desenvolveu-se como um centro de pesca e indústria madeireira, tornando-se um importante porto da região.
Hoje, a cidade continua sendo um centro de atividade econômica na ilha e possui uma interessante mistura de cultura e tradições indígenas e coloniais.
